南京大學會計學系起源于1902年三江師範學堂時期的商科，是我國曆史最悠久的會計學科。1952年中國大學院系調整時，南京大學的會計學科調整到其他院校。1993年，南京大學恢複設立會計學系，初名國際會計系，2000年更名為會計學系。會計學系現有教師23人，其中，教授10人（博士生導師7人），副教授6人。學系設有會計學和财務管理兩個本科專業、會計學碩士與會計學博士專業以及會計專碩和審計專碩。學系擁有兩個國家一流本科專業建設點（含會計學和财務管理），所依托的會計學科于2003年獲評為江蘇省唯一的會計學省級重點學科，并且是全國首批開展會計碩士專業學位（MPAcc）、審計碩士專業學位（MAud）研究生教育的單位，也是教育部首批進行會計專業學位研究生教育綜合改革試點的兩家單位之一。學科目前擁有教育部CJ學者特聘教授2人，中組部“****”入選者1人，中宣部全國文化名家暨“四個一批”人才入選者1人，财政部“會計名家培養工程”入選者2人，教育部“新世紀優秀人才支持計劃”入選者1人，國家社會科學基金委員會評審委員1人，财政部企業内部控制标準委員會委員1人，“江蘇省十大傑出青年”1人，全國會計領軍人才3人，全國會計專業學位研究生教育指導委員會委員1人，全國審計專業學位研究生教育指導委員會委員1人。

本學科設有南京大學會計與财務研究院、中國審計研究中心和機構投資者研究中心等多個學術研究平台，在财務會計、公司财務、公司治理、資本市場、管理會計、審計、内部控制、風險管理和投資策略等理論研究與社會實踐方面做出了有影響力的成果，無論在人才培養、科學研究，還是在社會服務方面，均取得了突出的成績。2000年以來，本學科教師承擔了多項國家自然科學基金項目和國家社會科學基金項目（包括多項社科重大項目和自科重點項目），在國内外高質量的學術期刊上（包括《經濟研究》、《管理世界》、《管理科學學報》、《中國工業經濟》、《會計研究》、《金融研究》、《南開管理評論》、《會計學季刊》、Journal of Financial Economics、The Accounting Review、Journal of Accounting Research、Review of Accounting Studies、Journal of Financial and Quantitative Analysis、Journal of Corporate Finance、Financial Management、Journal of International Business Studies、Journal of Financial Markets、Accounting Horizon等）發表論文百餘篇，其中在《會計研究》的人均發文量居于全國第一；累計獲得省部級科研獎項數十項，擁有國家級精品課程1門、國家一流本科課程1門，出版著作、教材幾十餘本。

會計學系于2017年與中興新雲建立了全面戰略合作關系，合作建設“南大智能财務實驗室”。實驗室建成後，南京大學會計學科将成為國内首家擁有“智能财務實驗室”的高校會計學科，同時也是國内首家将全球化、信息化時代的全新會計核算與财務管理模式全面系統引入到人才培養計劃中的高校會計學科。

南京大學會計學系與上海财經大學會計學院、香港中文大學會計學院于2023年共同創辦《會計學季刊》，旨在立足于中國本土國情，強調中華文化與現代文明有機結合基礎上的會計與财務理論創新和實踐導向，着重研究對中國有重大意義的會計與财務問題，助力中國式現代化全面推進。

南京大學會計學系的發展願景是，秉承南京大學“誠樸雄偉，勵學敦行”的校訓，踐行“嚼得菜根，做得大事”的精神，以學校人文社會與自然科學兩大領域的深厚積澱為重要承載，在BETVLCTOR伟德唯一官网經濟學與管理學兩大學科的快速發展和交叉融合的基礎上，堅持問題導向，始終立足本土，關注中國會計與财務學發展中的重大理論與現實問題，借鑒國際知識界發展的理論、方法與實踐為本土服務，努力建設具有引領力、中國一流、世界知名的會計與财務學領域的文化傳承、人才培養、知識創造及社會服務的大學教學科研中心之一。