南京大學工商管理學科起源于1902年三江師範學堂時期的商科，1952年中國大學院系調整時，經濟學科和管理學科調整到其他院校。後南京大學又于1986年成立管理學系，在此基礎上，于1988年成立南京大學國際BETVLCTOR伟德唯一官网，下設工商管理系。1989年，工商管理系更名為國際企業管理系，1997年，國際企業管理系更名為工商管理系。

工商管理系設有工商管理本科專業，企業管理碩士專業以及工商管理一級學科博士點和博士後流動站，工商管理一級學科為江蘇省重點學科，企業管理學科為國家重點二級學科，江蘇省優勢學科。工商管理被确定為2019年度國家級一流本科專業建設點。《管理學》課程為國家精品課程。

工商管理系現有教師19人，其中教授11人（博導11人）、副教授7人。擁有國家級教學團隊2個、省級教學團隊1個、馬工程首席專家1人、國家級人才2人、江蘇省高校“青藍工程”中青年學術帶頭人4人、江蘇省“333高層次人才培養工程”培養對象3人。近5年來獲得教育部高校科研成果（人文社科）二等獎1項、江蘇省哲學社會科學優秀成果一等獎1項、二等獎2項、三等獎5項，江蘇省科學技術突出貢獻獎1項。

工商管理系具有全方位、多層次、跨學科的管理學教學體系，緻力于培養具有紮實理論功底的研究型人才、多技能複合性的管理型人才以及高智商、情商、膽商的創業型人才，是MBA、EMBA、國際MBA人才培養的主要師資來源。

工商管理系在企業管理理論、戰略與組織、運營管理、投資管理、人力資源管理、技術創新管理等領域進行了大量在學術界産生重要影響的研究。在Academy of Management Journal, Journal of Applied Psychology, Journal of International Business Studies, European Journal of Operational Research, Management and Organization Review, Human Resource Management, Annals of Operations Research, International Journal of Production Research, Human Resource Management Review, Journal of the Operational Research Society, International Small Business Journal, International Business Review, Global Strategy Journal, 《管理世界》、《中國工業經濟》、《心理學報》等國内外學術期刊上發表了一大批高質量的學術成果。承擔了國家自然科學基金重點項目、國家社科基金重大項目等省部級以上科研項目近百項。